El Colegio “Santa Elena” nace hace ya más de un siglo en el sueño y pensamiento de Doña Elena Vicuña Valdés, una aristócrata señora que al fallecer, en el año 1907, expresa el deseo y aspiración de toda su vida dejando como cláusula de su testamento “… la fundación en la ciudad de Santiago, de un Colegio que denominará Santa Elena”…” Dentro de esta misma cláusula ella manifiesta su deseo de que este dirigido a “señoritas de alta sociedad y de precedentes honestos, que tengan de 12 a 21 años de edad… Ingresarán en calidad de internas, se sujetarán al carácter de alumnas y podrán permanecer en el colegio hasta que se casen o hasta que cumplan 25 años.

La aprobación legal del colegio tuvo lugar el 14 de Abril de 1908:
“A virtud y en conformidad con lo dispuesto por la finada señora doña Elena Vicuña de Opazo en el testamento solemne de 19 de diciembre de 1897, bajo el cual falleció, y que se encuentra protocolizado en el archivo del notario publico don Carlos Hubner, con fecha 12 de Febrero de 1908, se funda en la ciudad de Santiago una corporación bajo la denominación de Colegio Santa Elena, destinado a la educación e instrucción de mujeres, desde la edad de 12 años, hasta que se casen o cumplan 25 años” Art. 1
Según disposición testamentaria, si en el plazo de 10 años no se fundaba el colegio, todos sus bienes pasarían al Arzobispado de Santiago quien se encargaría de cumplir su deseo. Así fue y el Arzobispado, con los bienes testados, compro parte del edificio del Monasterio de las Madres de la Visitación para fundar el año 1913 el Colegio Santa Elena. Entrega la administración del Colegio a la Congregación de las Hermanas Carmelitas de la Caridad.

Las Carmelitas de la Caridad son las responsables de la educación y formación religiosa de muchas generaciones entregando el espíritu y el carisma de su congregación., enriqueciendo con este servicio a la sociedad chilena de comienzos del siglo XX. Al cumplir 50 años de su llegada, las hermanas dejan el Colegio quedando nuevamente en manos del Arzobispado de Santiago quien, en la persona del Cardenal Raúl Silva Henríquez, lo entrega en comodato a las Hermanas Carmelitas Misioneras Teresianas.
Las Carmelitas Misioneras Teresianas asumen plenamente la dirección del Colegio Santa Elena el año 1984,  La dirección del Colegio estuvo a cargo de la Hna. Silvia Sepúlveda Concha, quien junto a las demás religiosas tuvo la difícil tarea del cambio de congregación. Poco a poco las hermanas fueron ganando su lugar dentro del colegio, a pesar de no pocas contrariedades que tuvieron que pasar como el terremoto que destruyo gran parte de la construcción antigua del colegio al año de haberlo tomado, en 1985.

Tras los 17 años de haber llegado al colegio, las Carmelitas Misioneras Teresianas educaron y formaron, según el espíritu Palautiano, a distintas generaciones de jóvenes en quienes querido forjaron personas capaces de construir una sociedad más fraterna y humana, desde una profunda vida espiritual y una excelencia académica que las hace  ser transformadoras de la sociedad.
Las Hermanas Carmelitas  Misioneras Teresianas, hacen entrega nuevamente  al Arzobispado de Santiago de esta Institución en el año 2004.

El padre Juan Díaz, Vicario de Educación, deja en manos a partir del año 2005, a la Fundación Victoria Prieto, como entidad responsable del Colegio Santa Elena, grupo formado por laicos comprometidos con un gran interés con la labor educativa de nuestro país.